Das Jahr 2005 stand im Zeichen richtungsweisender Entscheidungen für das DEI. Zuvorderst ist die engere Verknüpfung der beiden Institutsteile in Jerusalem und Amman zu nennen. Die Institutseinrichtungen in Israel und Jordanien wurden wieder zu einem Institut zusammengefasst. Sie forschen seither gemeinsam, befördern gemeinsame archäologische Projekte und treten als ein Institut in der internationalen Wissenschaftslandschaft in Erscheinung. Dies wurde nach außen hin durch eine neue und einheitliche Gestaltung des Logos kenntlich gemacht. Darüber hinaus wurde Prof. Dr. Dr. Dr. h.c. Dieter Vieweger im November 2005 zum Direktor des Instituts an beiden Standorten berufen. Er ist zugleich Direktor des Biblisch-Archäologischen Institutes an der Universität Wuppertal, Professor an der Kirchlichen Hochschule Wuppertal sowie Gastprofessor an der Privaten Universität Witten-Herdecke. Der Direktor des DEI ist gleichzeitig Stellvertreter des Propstes in Jerusalem und leitet die Bildungsarbeit der EKD in Jerusalem.

Eine weitere bedeutende Weichenstellung war die engere Verbindung des DEI mit dem Deutschen Archäologischen Institut (DAI), die in der neu verfassten Satzung festgeschrieben wurde. Die enge Beziehung zwischen DEI und DAI spiegelt sich auch im veränderten Namenszug des DEI wider, der um den Zusatz „zugleich Forschungsstelle des Deutschen Archäologischen Instituts“ erweitert wurde.

Neuerungen betrafen auch den jährlichen Lehrkurs. Dieser wurde 2005 modularisiert und themenorientiert. Er bietet damit dem theologischen, archäologischen und kulturwissenschaftlichen Nachwuchs künftiger Forschergenerationen eine flexiblere Möglichkeit, den Orient kennen zu lernen und gelerntes Wissen zu vertiefen. 

Auf der inhaltlichen Ebene richtet sich das Hauptaugenmerk des DEI weiterhin satzungsgemäß auf die Erforschung des Heiligen Landes dies- und jenseits des Jordan und auf die Vermittlung der neuesten Erkenntnisse zu Archäologie und Kultur dieser Region an eine breite Öffentlichkeit. In diesem Zusammenhang trat 2005 das „Gadara Region Project“ mit der Ausgrabung auf dem Tall Zirā‘a in den Fokus der wissenschaftlichen Arbeit des DEI. Prof. Vieweger kooperierte dahingehend eng mit Dr. Jutta Häser, der Leiterin des DEI Amman. Beide leiteten das Projekt von 2004 bis 2013 gemeinsam.

Der am 26. Dezember 2005 begonnene Umbau im DEI Jerusalem gab nicht nur den Bibliotheksräumen und den Sammlungen des Instituts einen angemessenen Rahmen, sondern es entstanden auch fünf neue Gästezimmer. Damit wurde ein neuer Akzent in der Institutsarbeit geschaffen: Das DEI etablierte sich zusätzlich zur eigenen wissenschaftlichen Arbeit zu einem Treffpunkt für Wissenschaftler/innen, die eigene Projekte im Heiligen Land verfolgen.

Weitere Schwerpunkte des DEI waren in den folgenden Jahren:

• Die Kontaktaufnahme und -pflege zu den anderen in- und ausländischen Institutionen und
• die Vermittlung wissenschaftlicher Arbeit im Umfeld Jerusalems („Bildungsarbeit Jerusalem“).