2009 wurde der Förderverein für das DEI im Pergamonsaal des Vorderasiatischen Museums zu Berlin im Beisein von mehr als 400 Gästen gegründet. Fünfzig Gründungspersönlichkeiten aus Kirche, Wissenschaft, Kultur, Wirtschaft und Politik unterzeichneten die Gründungsurkunde. Vordringlicher Vereinszweck ist die ideelle und finanzielle Hilfe für das DEI. Der Verein unterstützt insbesondere Projekte für Nachwachswissenschaftler zur Finanzierung von Praktika, Exkursionen, Volontariaten und Stipendien sowie interkulturelle Projekte, die Menschen unterschiedlicher Nationalität, Religion und Profession die Arbeit am DEI ermöglichen.

Neben der Etablierung von Vortragsreihen in den DEI-Instituten in Amman und Jerusalem stand in den folgenden Jahren insbesondere die touristische Erschließung der Ausgrabung von Dr. Ute Wagner-Lux unter der Erlöserkirche in Jerusalems Altstadt im Zentrum der wissenschaftlichen Arbeit des DEI. Die vierjährigen Arbeiten führten schließlich zur feierlichen Eröffnung des archäologischen Parks „Durch die Zeiten“ am 1. November 2012. Die Einweihung feierten 350 geladene Gäste, darunter hochrangige Vertreter aus Politik und Ökumene. Den Festvortrag hielten Prof. Dr. Hans-Joachim Gehrke (ehemaliger Präsident des Deutschen Archäologischen Instituts) und Prof. Dr. Peter Funke (Vizepräsident der Deutschen Forschungsgemeinschaft, Universität Münster). Das nachhaltige Interesse des Bundeslandes Brandenburg, das sowohl durch die finanzielle Unterstützung des Pilotprojektes als auch durch die Besuche von Ministerpräsident Platzeck 2009 und 2011 in Jerusalem zum Ausdruck gebracht wurde, trug wesentlich zum Erfolg des Vorhabens bei.

14 Meter unter dem Fußboden der Erlöserkirche können die Besucher nunmehr buchstäblich „durch die Zeiten“ gehen und archäologische Überreste aus 2000 Jahren Jerusalemer Stadtgeschichte bestaunen. Darüber hinaus gibt der Park eine wissenschaftliche Antwort auf die Frage, ob der Fels Golgota, der in der Grabeskirche gezeigt wird, mit dem in den Evangelien beschriebenen Hinrichtungsort Jesu identisch sein kann. Ein Museum, eine 3D-Computeranimation mit mehrsprachigen Erklärungen und Lichteffekten sowie eine ausführliche Publikation für Besucher vervollständigen das Angebot des archäologischen Parks.

Im Jahr 2012 begann mit Blick auf das „Gadara Region Project“ die Aufarbeitungs- und Publikationsphase der über 18 Kampagnen gewonnenen Forschungsergebnisse auf dem Tall Zirā‘a und bei den archäologischen Geländebegehungen im Wādī al-‘Arab.

Im Jahr 2013 übernahm Dr. Frauke Kenkel die Leitung des Instituts in Amman.

Im Jahr 2014 starteten darüber hinaus die Vorbereitungen für ein weiteres Forschungsprojekt des DEI – die Suche nach der sog. „Zweiten Mauer“, der Stadtmauer Jerusalems zur Zeit Jesu. Prof. Jürgen Sachs, TU Ilmenau, besuchte im Frühjahr 2014 die Ausgrabungsstätte in Jerusalem, um einige Tests unterhalb der Erlöserkirche vorzunehmen und die Möglichkeiten von geophysikalischen Erkundungen auszuloten.

Ferner ging die archäologische Ausgrabungstätigkeit im Juni 2014 in der Erlöserkirche weiter. Ein trinationales Team aus Deutschen, Israelis und Palästinensern untersuchte im Museum des archäologischen Parks Bereiche, die aus baulichen Gründen abgenommen werden mussten. Zusätzlich wurde im September 2014 das Mosaik der kreuzfahrerzeitlichen Kirche St. Maria Latina unter der Erlöserkirche mit Mitteln der DFG restauriert und gesichert.

Auch die Vorbereitung des zukünftigen Hauptgrabungsprojekts des DEI auf dem anglikanisch-preußischen Friedhof auf dem Zionsberg begann 2014. Ziel der Unternehmung wird es sein, die berühmten Befunde dieses Bereichs – allen voran das sog. „Essener-Tor“ – für Pilger und Touristen zugänglich zu machen. Die Pflege des anglikanisch-deutschen Erbes auf dem südlichen Zionshügel gehört zu den vordringlichsten Aufgaben des DEI Jerusalem.

Im September 2014 fand der vom DEI organisierte „Workshop on the Ancient Remains beneath the Church of the Redeemer, the Muristan and its Surroundings” statt.