Gustaf Dalman gab 1905 das erste Jahrbuch des DEI unter dem Titel „Palästina-Jahrbuch“ heraus. Bis 1941 erschienen 37 Ausgaben mit Aufsätzen und Berichten rund um das Heilige Land.

Nach einer langen Pause gab das DEI Jerusalem 1989 als Nachfolger das „Jahrbuch des Deutschen Evangelischen Instituts für Altertumswissenschaft des Heiligen Landes (JbDEI)“ heraus. Die letzte Ausgabe des Jahrbuchs wurde in Kooperation mit dem Ammaner Institut 2009 publiziert. Das Jahrbuch als separate Publikation wurde eingestellt und ist heute Teil von „Jerusalem – Gemeindebrief und Stiftungsjournal“, das vierteljährlich erscheint.